BZOJ-1264: [AHOI2006]基因匹配Match

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Description

基因匹配(match) 卡卡昨天晚上做梦梦见他和可可来到了另外一个星球,这个星球上生物的DNA序列由无数种碱基排列而成(地球上只有4种),而更奇怪的是,组成DNA序列的每一种碱基在该序列中正好出现5次!这样如果一个DNA序列有N种不同的碱基构成,那么它的长度一定是5N。 卡卡醒来后向可可叙述了这个奇怪的梦,而可可这些日子正在研究生物信息学中的基因匹配问题,于是他决定为这个奇怪星球上的生物写一个简单的DNA匹配程序。 为了描述基因匹配的原理,我们需要先定义子序列的概念:若从一个DNA序列(字符串)s中任意抽取一些碱基(字符),将它们仍按在s中的顺序排列成一个新串u,则称u是s的一个子序列。对于两个DNA序列s1和s2,如果存在一个序列u同时成为s1和s2的子序列,则称u是s1和s2的公共子序列。 卡卡已知两个DNA序列s1和s2,求s1和s2的最大匹配就是指s1和s2最长公共子序列的长度。 [任务] 编写一个程序:从输入文件中读入两个等长的DNA序列;计算它们的最大匹配;向输出文件打印你得到的结果。

每个数只有5个,那么当前数对应原序列的位置只有5个。那么可以求对应位置上升的最长子序列。二维LIS,树状数组即可。

#include <vector>
#include <cstdio>
#include <cstring>
#include <algorithm>
using namespace std;
int n,m,ans,a[20100],f[101000],dp[10];
vector<int>v[20100];
inline int query(int x)
{
    int re=0;
    while(x>0) re=max(re,f[x]),x-=-x&x;
    return re;
}
inline void fix(int x,int y)
{
    while(x<=m) f[x]=max(f[x],y),x+=-x&x;
}
int main()
{
    scanf("%d",&n); m=n*5; int x;
    for(int i=1;i<=m;++i)
    {
        scanf("%d",&x);
        v[x].push_back(i);
    }
    for(int i=1;i<=m;++i)
    {
        scanf("%d",&x);
        for(int j=0;j<5;++j)
        {
            dp[j]=query(v[x][j]-1)+1;
            ans=max(ans,dp[j]);
        }
        for(int j=0;j<5;++j)
            fix(v[x][j],dp[j]);
    }
    printf("%d",ans);
    return 0;
}

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